微生物や毒性物質が生体内にうまく侵入できると、それらは生体細胞と接触し、自然免疫が発動する。この自然免疫応答は普通生体が微生物を構造パターン認識受容体で感知するときに発動する。この構造パターンは広い範囲の微生物グループの間で保存されている。 あるいは細胞は障害を受けると警戒シグナルを出す。
自然免疫系防御は非特異的である。つまり病原体に対して包括的な応答を行う。 この系は病原体に対し、長期間に渡って効く免疫はもたない。自然免疫系は大部分の生物にとって宿主防御の主要な系である。
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